Teniendo bien configurado el formulario, debemos tener lo siguiente en el add del controlador:
if ( !empty($this->request->data['Entrada']['documento']['tmp_name']) && is_uploaded_file($this->request->data['Entrada']['documento']['tmp_name']) ) { // Strip path information $filename = basename($this->request->data['Entrada']['documento']['name']); move_uploaded_file( $this->data['Entrada']['documento']['tmp_name'], WWW_ROOT . DS . 'documentos' . DS . $filename ); }