Teniendo bien configurado el formulario, debemos tener lo siguiente en el add del controlador:
if (
!empty($this->request->data['Entrada']['documento']['tmp_name'])
&& is_uploaded_file($this->request->data['Entrada']['documento']['tmp_name'])
) {
// Strip path information
$filename = basename($this->request->data['Entrada']['documento']['name']);
move_uploaded_file(
$this->data['Entrada']['documento']['tmp_name'],
WWW_ROOT . DS . 'documentos' . DS . $filename
);
}